Programa de gestión de fisioterapia: 12 preguntas

En corto: antes de pagar un programa de gestión para tu clínica de fisioterapia, comprueba cuatro cosas: que guarde una historia clínica por paciente con una cuenta para cada persona del equipo, que haga las facturas con VeriFactu y enseñe su declaración responsable, que firme contigo el contrato de encargado del tratamiento que pide el RGPD y que te deje llevarte tus datos si te vas. Después, compara el precio total con IVA para tu número de fisios y pruébalo con tu agenda de verdad.

Esta guía es para fisios autónomos y dueños de clínicas de 1 a 10 fisios que van a elegir programa por primera vez o quieren cambiar. Son 12 preguntas para llevar a la demo, con la norma de cada una.

¿Qué tiene que tener un programa de gestión para una clínica de fisio?

Lo mínimo para el día a día de una consulta de fisioterapia:

• Agenda compartida con todos los fisios, por día y por semana.

• Ficha del paciente con la historia clínica: anamnesis, exploración, evolución de cada sesión y documentos.

• Consentimientos que el paciente pueda firmar.

• Facturas que cumplan el reglamento de facturación (VeriFactu) y un libro de facturas para tu gestoría.

• Cuentas personales, para que cada uno vea solo lo que necesita.

• Salida de datos en formatos que puedas abrir sin el programa.

Lo demás (recordatorios por WhatsApp, bonos, lista de espera) suma, pero no sustituye a lo de arriba.

¿Qué preguntar sobre la agenda y las fichas?

1. ¿Veo a todos los fisios en la misma agenda?

Pide que te enseñen un día con varios fisios a la vez y dónde se ven los huecos libres. Si recepción da las citas, que lo pruebe ella en la demo.

2. ¿La historia clínica es una por paciente y la comparte todo el equipo?

Debería. La Ley 41/2002 pide que la historia clínica reúna los documentos de cada paciente, con la identificación de los profesionales que han intervenido, para lograr la máxima integración posible, al menos en cada centro (artículo 14.1). En la práctica: una ficha por paciente donde escribe cada fisio con su nombre, no una carpeta por profesional.

Pregunta también si puedes guardar documentos (informes, pruebas) y si la ficha se exporta en PDF.

3. ¿Cada persona entra con su cuenta?

Tiene que ser así. Los fisios que tratan al paciente acceden a su historia (Ley 41/2002, artículo 16.1), pero el personal de administración solo puede ver los datos relacionados con sus funciones (artículo 16.4). Con una contraseña compartida no hay forma de separar eso.

Pregunta:

• ¿Hay una cuenta por persona y permisos distintos para recepción?

• ¿Pide un segundo código al entrar (verificación en dos pasos)?

• ¿Queda registrado quién abre cada ficha?

¿Qué preguntar sobre facturas y VeriFactu?

4. ¿Hace facturas con VeriFactu y tiene declaración responsable?

El Real Decreto 1007/2023 obliga a que el programa con el que facturas cumpla el reglamento de los sistemas informáticos de facturación. Lo que dice hoy el BOE (disposición final cuarta, texto consolidado del 3-12-2025):

• Clínica que es sociedad: antes del 1 de enero de 2027.

• Fisio autónomo y resto de obligados: antes del 1 de julio de 2027.

El 5 de octubre de 2026, el Ministerio de Hacienda anunció que prevé aplazarlo hasta octubre de 2028. Es una previsión: mientras no salga en el BOE, las fechas legales son las de 2027.

Cada fabricante tiene que firmar una declaración responsable de que su programa cumple, y debe estar a la vista en el programa y para el cliente al comprarlo; tú puedes pedírsela (Real Decreto 1007/2023, artículo 13). Tener un programa que no se ajusta a la norma se sanciona con 50.000 € por cada ejercicio (Ley General Tributaria, artículo 201 bis).

Lo explicamos con calma en VeriFactu para fisioterapeutas.

5. ¿Factura sesiones exentas de IVA, productos y bonos, y saca el libro para la gestoría?

La asistencia sanitaria a personas físicas por profesionales sanitarios, para diagnóstico, prevención y tratamiento, está exenta de IVA (Ley 37/1992, artículo 20.Uno.3.º). El programa tiene que poder hacer esa factura exenta y, a la vez, facturar con IVA lo que no lo esté, como la venta de productos. Lo tienes en ¿La fisioterapia lleva IVA?.

Pide que te enseñen en la demo:

• Una factura de una sesión y otra de un bono.

• Una factura rectificativa.

• Cómo se baja el libro de facturas para tu gestoría y en qué formato.

¿Qué preguntar sobre protección de datos?

6. ¿Firma conmigo el contrato de encargado del tratamiento?

Tiene que firmarlo. El programa trata los datos de tus pacientes por cuenta de tu clínica, así que es encargado del tratamiento. El RGPD exige un contrato que diga, entre otras cosas, que solo tratará los datos siguiendo tus instrucciones, que su personal guarda confidencialidad y que aplicará medidas de seguridad (artículo 28.3). Y tú solo puedes elegir un encargado capaz de aplicar medidas técnicas y organizativas apropiadas (artículo 28.1).

La Agencia Española de Protección de Datos (AEPD) tiene un modelo de estas cláusulas: úsalo para revisar el que te pasen.

7. ¿Dónde están los servidores y qué otras empresas tocan los datos?

Pregunta en qué país están los datos y pide la lista de subencargados (alojamiento, envío de correos…). El encargado no puede recurrir a otra empresa sin tu autorización por escrito, y si la autorización es general, tiene que avisarte de cada cambio para que puedas oponerte (RGPD, artículo 28.2).

Si algún dato sale de la Unión Europea, la AEPD recuerda que esa transferencia no puede rebajar el nivel de protección del RGPD.

8. ¿Qué pasa con las copias de seguridad?

Los datos de salud son una categoría especial (RGPD, artículo 9). El artículo 32 del RGPD pide medidas de seguridad adecuadas al riesgo, entre ellas el cifrado y la capacidad de restaurar los datos rápido si hay un incidente.

Pregunta, en concreto: ¿hay copias de seguridad?, ¿están cifradas?, ¿cuánto se tarda en recuperar los datos si algo falla?

¿Y si un día me quiero ir?

9. ¿Cómo me llevo mis datos y en qué formato?

Se pregunta antes de firmar, no al irte. El contrato de encargado tiene que decir que, cuando acabe el servicio, el programa suprimirá o te devolverá todos los datos, a tu elección (RGPD, artículo 28.3.g). El modelo de la AEPD añade la opción de devolverlos a otro encargado que tú designes.

Pide los formatos por escrito: PDF para consultar, y CSV, Excel o JSON para importarlos en otro programa.

10. ¿Hay permanencia y qué pasa con las historias cuando me doy de baja?

Mira si hay permanencia o penalización por irte antes. Y ten presente que las historias clínicas son tuyas de guardar: como mínimo, cinco años desde el alta de cada proceso asistencial, aunque no sea en el soporte original (Ley 41/2002, artículo 17.1). Tu comunidad autónoma puede tener plazos propios. Si cambias de programa, la exportación tiene que permitirte cumplir ese plazo.

¿Cuánto cuesta y cómo comparo precios?

11. ¿El precio es por fisio o por clínica, y lleva el IVA?

Los programas cobran de formas distintas: por profesional, por clínica, por número de pacientes o por módulos. Para comparar, calcula siempre el total al mes, con IVA, para tu equipo real (fisios y recepción), y suma:

• Fisios o usuarios extra.

• Módulos que se pagan aparte: facturación, recordatorios por WhatsApp, firma de consentimientos.

• Cuota de alta, migración y formación.

• Lo que cambia si pagas al año.

Un precio bajo con todo aparte puede salir más caro que uno con todo incluido.

12. ¿Puedo probarlo con mi agenda real y me ayudan a migrar?

Pide una prueba sin tarjeta y úsala con citas de verdad durante una semana. Pregunta si la migración desde tu programa anterior, Excel o papel va incluida, quién la hace y cuánto tarda. Y antes de pasar pacientes, repasa las preguntas 4, 6 y 9.

Cómo lo hace Articua

• Un precio por clínica: 34,90 €/mes o 349 €/año con 3 fisios incluidos; recepción y dirección, gratis; pacientes ilimitados. Cada fisio más, 5 €/mes o 50 €/año. IVA incluido. Lo tienes en precios.

• Facturas con VERI*FACTU incluidas en el plan, con su declaración responsable publicada y el libro de facturas en Excel para tu gestoría.

• Agenda compartida, fichas con cuerpo 3D y consentimientos con firma en pantalla.

• Una cuenta por persona, verificación en dos pasos y registro de la consulta de fichas. Servidores en Alemania, dentro de la Unión Europea, y la lista de subencargados publicada.

• Si te vas, te llevas la información en PDF y en CSV/JSON.

• 15 días gratis, sin tarjeta ni permanencia, con la migración y la formación incluidas.

Más detalle en producto, seguridad y preguntas frecuentes.

Preguntas frecuentes

¿Necesito un programa de gestión si soy fisio autónomo?

Depende de cómo trabajes. La historia clínica la llevas igual. Si facturas con un programa, tiene que ajustarse a VeriFactu; si facturas todo a mano, la Agencia Tributaria dice que el reglamento no te afecta.

¿Me sirve un CRM genérico para mi clínica?

Depende. Tiene que firmar contigo el contrato de encargado del tratamiento (RGPD, artículo 28), proteger datos de salud y permitir cuentas separadas para recepción. Además, necesitarás facturar con un programa que cumpla VeriFactu.

¿Tengo que firmar un contrato de protección de datos con el programa?

Sí. El programa es encargado del tratamiento y la relación se rige por un contrato con el contenido del artículo 28.3 del RGPD.

¿Qué hago con las historias clínicas si cambio de programa?

Llévatelas. Tienes que conservarlas como mínimo cinco años desde el alta de cada proceso (Ley 41/2002, artículo 17.1), así que exporta antes de darte de baja y comprueba que los archivos se abren.

¿Qué pasa si mi programa no está adaptado a VeriFactu?

Te arriesgas a una multa. Tener un sistema de facturación que no se ajusta a la norma se sanciona con 50.000 € por ejercicio (Ley General Tributaria, artículo 201 bis), desde la fecha que te toque.

Fuentes

• Ley 41/2002, básica reguladora de la autonomía del paciente y de derechos y obligaciones en materia de información y documentación clínica: artículos 14, 16 y 17 (texto consolidado). https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-2002-22188

• Real Decreto 1007/2023, Reglamento de los sistemas informáticos de facturación: artículo 13 y disposición final cuarta (texto consolidado, última actualización 3-12-2025). https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-2023-24840

• Ministerio de Hacienda. Nota informativa del 5 de octubre de 2026 sobre la previsión de aplazamiento. https://www.hacienda.gob.es/sgt/gabsehacienda/nota-informativa-verifactu.pdf

• Agencia Tributaria. Preguntas frecuentes sobre sistemas informáticos de facturación: ámbitos de aplicación. https://sede.agenciatributaria.gob.es/Sede/iva/sistemas-informaticos-facturacion-verifactu/preguntas-frecuentes/cuestiones-generales-ambitos-aplicacion.html

• Ley 58/2003, General Tributaria, artículo 201 bis. https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-2003-23186

• Ley 37/1992, del IVA, artículo 20.Uno.3.º. https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-1992-28740

• Reglamento (UE) 2016/679, General de Protección de Datos: artículos 9, 28 y 32. https://www.boe.es/buscar/doc.php?id=DOUE-L-2016-80807

• Agencia Española de Protección de Datos. Directrices para la elaboración de contratos entre responsables y encargados del tratamiento. https://www.aepd.es/guias/guia-directrices-contratos.pdf

Escrito por Leyder Rivera, fundador de BCL IA y de Articua. Actualizado el 3 de noviembre de 2026. Esta guía informa; no sustituye el consejo de tu asesoría.